Малышев обвиняется в совершении преступления, предусмотренного ч.6 ст.290 Уголовного кодекса (получение взятки в особо крупном размере). В случае признания виновным ему грозит штраф до 5 млн рублей и лишение свободы на срок до 15 лет.
На сайте Росавиации в разделе управления регулирования перевозок исчезло упоминание о Малышеве.