Судебное разбирательство по уголовному делу об убийстве журналиста длилось более десяти лет. До суда дело дошло только два года назад. Всё это время его слушали в закрытом режиме, так как некоторые материалы следствия проходили под грифом «Секретно».
На суде были оглашены подробности убийства Георгия Гонгадзе: "Преступление произошло около полуночи 17 сентября 2000 года в лесу в Киевской области. Там сотрудники милиции Николай Протасов, Александр Попович и Валерий Костенко, «действуя из личной заинтересованности и карьерных побуждений», вступили с Алексеем Пукачем в преступный сговор. Недалеко от места остановки автомобиля, в котором уже находился Георгий Гонгадзе, Попович выкопал яму. «Далее Протасов, Костенко, Попович и Пукач вывели Гонгадзе, уложили его на землю, связали веревкой руки и ноги, отнесли к выкопанной яме, уложив лицом вниз», — зачитал подробности убийства судья.
После этого Алексей Пукач запихнул в рот Гонгадзе носовой платок и начал руками сдавливать его горло и шею. Когда задушить таким путем Гонгадзе не удалось, Александр Попович вытащил из брюк журналиста ремень и передал его в качестве орудия убийства Пукачу. Тот набросил ремень на шею Гонгадзе. Затем, удостоверившись, что журналист мертв, осужденный, Протасов и Валерий Костенко сбросили его тело в яму. Чтобы скрыть следы преступления, они взяли из автомобиля канистру с бензином, облили тело и подожгли. В октябре 2000 года, чтобы замести следы, Пукач приехал на место захоронения Гонгадзе, выкопал его и отвез в лесничество Таращанского района Киевской области, отчленил голову от тела и закопал там тело и голову по отдельности", пишут "Известия".