Согласно проекту Минобрнауки, главу ФАНО правительство должно назначить по согласованию с президентом. Научно-координационный совет агентства предполагают формировать на паритетных началах из назначенных президентом ученых, избранных общим собранием членов Российской академии наук, сотрудников подведомственных агентству научных организаций и представителей научного сообщества и инновационных компаний, функционирующих вне системы РАН.
В документе не прописана система соподчинения научно-координационного совета и главы ФАНО. Неясно, сможет ли глава агентства налагать вето на решения совета, которые его не устраивают. Также не оговорено, кто будет иметь право возглавить ФАНО — в частности, должен ли этот чиновник быть академиком.
Закон о реформе российских научных академий, одобренный обеими палатами парламента России, Президент РФ Владимир Путин подписал 27 сентября. Предполагается, что три академии — РАН, РАМН и РАСХН — будут объединены в одну, а их имущество перейдет под контроль федерального агентства. ФАНО также будет управлять научными институтами, за исключением подведомственных региональным отделениям РАН.
