По версии следствия, совершенные им махинации с муниципальной недвижимостью нанесли бюджету Петрозаводска ущерб в 11 млн рублей. Кроме этого, он десять раз незаконно пересек российско-финляндскую границу по дипломатическому паспорту.
Алиханов является депутатом Заксобрания Карелии пятого созыва от партии "Единая Россия". Впервые был избран в республиканский парламент в 2002 году, переизбирался в 2006 и 2011 годах. С марта по сентябрь 2010 года представлял Карелию в Совете Федерации.