Парламентарию предъявлено обвинение в коррупции в бытность главой социального фонда (2002-2005 гг.) и налоговой инспекции (2008-2009 гг.), а также в злоупотреблении должностным положением в период работы на посту спикера киргизского парламента (2010-2011гг.).
По предварительным данным, Ахматбек Кельдибеков нанес ущерб государству в размере свыше $800 тысяч.