С ним ранее было заключено досудебное соглашение, в рамках которого он дал подробные показания, изобличающие главу Дирекции по строительству в Дальневосточном федеральном округе Управления делами президента Андрея Поплавского. Сам Поплавский, взятый под стражу в ноябре 2014 года, свою вину не признает, в отношении него рассмотрение дела продолжается.
Согласно решению суда и материалам следствия, Поплавский при пособничестве Шишова и главы компании «Косандра» Александра Косяченко растратил более миллиарда рублей, выделенных на строительство Приморского океанариума во Владивостоке. Деньги были выведены на счета «Мостовика», а сам Поплавский получил от Шишова и Косяченко 145 миллионов рублей за приемку якобы выполненных строительно-монтажных работ.