По информации Роспотребнадзора Москвы, в ходе проверки в столичном управлении было выявлено, что Филатов, занимая должность на федеральной государственной гражданской службе, одновременно является президентом Московского фонда содействия санитарно-эпидемиологическому благополучию населения. При этом, фонд является учредителем нескольких юридических лиц и коммерческой организации, «законные представители которых использовали возможности управления Роспотребнадзора по Москве при осуществлении своей деятельности».
В настоящее время по данному факту проводится служебное расследование.