Чертановский суд Москвы 5 октября 2017 года в рамках уголовного дела о мошенничестве заключил под домашний арест Ампелонского, Едидина и Весельчакова. По делу также проходили гендиректор ФГУП "Главный радиочастотный центр" Анастасия Звягинцева (ей СК инкриминировал растрату в особо крупном размере) и еще 15 человек. Ампелонскому в окончательной редакции вменялись два эпизода растраты на сумму около 6 млн рублей, а Весельчакову - на сумму 10 млн рублей. Кроме того, 10 сентября Басманный суд Москвы санкционировал заочный арест Оксаны Чернышенко, еще одной фигурантки дела о растрате, которая была объявлена в розыск.
Позднее СК РФ переквалифицировал фигурантам дела обвинение с мошенничества (ст.159 УК РФ) на растрату (ст.160 УК РФ). Сделку со следствием никто из обвиняемых не заключал, вину они не признали. В материалах дела речь шла о растрате путем фиктивного оформления людей на работу и оплаты их труда.
Следствие считало, что Ампелонский пользовался банковской карточкой, на которую переводились эти деньги. Карта была оформлена на подставное лицо, но при обыске ее не нашли.