Военные вузы и военно-научные центры подчинят командующим профильными для них войсками: летные — главкомату ВВС, морские — главкомату ВМФ, сухопутные, соответственно, — главкомату Сухопутных войск.
При этом Академия Генштаба будет находиться в подчинении начальника Генштаба Валерия Герасимова, Рязанское высшее воздушно-десантное училище — в подчинении командующего ВДВ Владимира Шаманова, Академия РВСН имени Петра Великого — главкома РВСН Сергея Каракаева.
Кроме того, в подчинение главкомата Сухопутных войск передадут все кадетские и суворовские училища (кроме Нахимовского, которое останется в ВМФ), а также единственную в России школу-пансион воспитанниц Минобороны, в которой учатся дочери военнослужащих со всей страны.