Планируется, что МАН и ее школьные отделения в своем составе могут иметь секции по физико-техническим, медико-биологическим, сельскохозяйственным, социально-экономическим, гуманитарным наукам, по наукам о Земле и по палеонтологии. По мере необходимости могут быть организованы секции по другим отраслям науки и техники.
Основные задачи МАН: выстраивание единой системы научно-исследовательской деятельности учащихся; популяризация научных знаний среди детей и молодежи; развитие взаимодействия школьного и высшего образования, академической и прикладной науки; организация образовательных и научно-исследовательских лабораторий для обучающихся и другие.