Правительство не может сбалансировать бюджет фонда из-за нехватки средств на выполнение майских указов президента. Дыра на 2017 год составляет порядка 71 миллиарда рублей, на 2018 год — 196,6 миллиарда, на 2019 год — 219,5 миллиарда.
Проект федерального бюджета на ближайшее трехлетие одобрен правительством, однако денег на фонд ОМС в нем не нашлось. Другой чиновник предположил, что, скорее всего, в конце концов будет принято решение о трансферте из федерального бюджета.
Минздрав предлагал в бюджете фонда на 2016 год не перечислять так называемый обратный трансферт в федеральный бюджет и сэкономить, таким образом, 96,7 миллиарда рублей. Трансферт перечисляется в последний день 2016 года и не может быть использован в текущем году. Если деньги оставить фонду ОМС, они закроют его дефицит в 2017 году и частично в 2018 году.
Согласно майским указам президента, в 2017 году зарплата врачей должна составить 180% от среднерегиональной, среднего и младшего медперсонала — 90% и 80%. К 2018 году зарплата врачей должна превышать средний уровень по региону вдвое.