В России бывшему главе "Межпромбанка" инкриминируется присвоение или растрата в особо крупном размере, а также злоупотребление полномочиями. По данным СК РФ, в 2009 году "Межпромбанк" выдал подконтрольным Пугачеву организациям 120 невозвратных кредитов на 64 млрд рублей. Кроме того, считает следствие, в 2008-2009 годах были похищены 28 млрд рублей, выделенных Банком России в качестве беззалоговых кредитов.
В январе 2015 года Генпрокуратура России направила в Великобританию запрос о выдаче Пугачева. Однако позднее экс-банкир покинул пределы Соединенного Королевства в нарушение постановления Высокого суда Лондона. По информации АСВ, экс-банкир скрывается во Франции.
