Существо отличает смешение черт, характерное для различных видов. Кости таза и плеч по своему анатомическому устройству напоминают кости австралопитеков, появившихся четыре миллиона лет назад. Устройство ступней — такое же, как у современного человека, однако объем мозга Homo naledi был почти вдвое меньше, чем у Homo sapiens.
Остаются неразгаданными две загадки. Во-первых, неизвестен возраст костей. Во-вторых, непонятно, как они попали в далекую пещеру сквозь узкий проход (17,8 сантиметра).