Как отмечается в Отчете о результатах контрольного мероприятия в управляющей компании - Некоммерческой организации «Фонд развития Центра разработки и коммерциализации новых технологий», опубликованном на сайте Счетной палаты, проверка охватывала период работы "Сколкова" с 19 ноября 2015 года по 3 июня 2016 года. За это время в фонд из госбюджета поступило 58,6 млрд руб., а еще 5,7 млрд руб. ему обеспечило размещение бюджетных средств на банковских счетах. Лишь 4,5% дохода "Сколкову" принесла собственная операционная деятельность.
Отмечается, что "Сколково" получало больше субсидий, чем ему требовалось: так, в 2013 году фонд не истратил 2 млрд руб. из 23 млрд руб., числившихся на его счетах в начале года. В тот же период он получил дополнительное госфинансирование еще на 13,5 млрд руб. Также фонд необоснованно тратил гранты участников проектов – в течение трех лет было израсходовано 4,8 млрд руб. или 7,4% от общей суммы расходов за счет субсидий из госбюджета.
В структуре расходов Фонда в 2013‐2015 годах расходы на оплату труда составили более 8,9 млрд рублей или 13,7% от общей суммы расходов, произведенных за счет субсидии из федерального бюджета. При этом объем средств, израсходованных на оплату труда, почти в 2 раза превысил сумму средств, направленных на грантовую поддержку исследовательской деятельности участников проекта.
Уровень среднемесячной заработной платы сотрудников Фонда и его дочерних обществ значительно превышал среднемесячные значения этого показателя по Москве и по России в целом. В 2015 году среднемесячная начисленная заработная плата в Фонде составляла 468,4 тыс. рублей, что в 13,8 раза превышало аналогичный показатель в целом по экономике РФ (33,98 тыс. рублей) и 5,3 раза среднемесячную заработную плату в Москве (88,62 тыс. рублей в декабре 2015 года).
Аналогичная ситуация сложилась и в дочерних обществах Фонда. В целом по Фонду и дочерним обществам среднемесячная заработная плата в 2015 году составила 276,8 тыс. рублей, что в 8,1 раза выше, чем в среднем по стране, и в 3,1 раза выше, чем в Москве.
Как отмечает Право.Ru, ответственность за излишнее субсидирование "Сколкова" Счетная палата по результатам проверки возложила на Министерство финансов. Ведомство плохо исполняло контрольные функции и в нарушение закона о бюджете на 2016 год позволило "Сколкову" не возмещать в казну 658 млн руб., конвертированных в иностранную валюту, следует из отчета палаты.
