В начале февраля газета «Ведомости» со ссылкой на источник в ведомстве сообщила, что МВД начало проверку в отношении экс-главы железнодорожной монополии.
О том, что СКР расследует уголовные дела о хищениях в ряде крупных структур, включая РЖД, в феврале 2016 года сообщал руководитель ГСУ СКР по Москве Александр Дрыманов на коллегии СКР. Но имя Якунина в его докладе не упоминалось.
Сам Якунин рекомендовал задавать вопросы «тем, кто может на них ответить». "Я нахожусь в переговорах, и у меня совершенно нет времени ни с кем разговаривать. Если есть вопросы, пожалуйста, задавайте тем, кто может на них ответить", — сказал он.