Потребность в этой службе возникла начале 90-х годов в связи с отменой ограничений во внешней торговле и либерализации внешнеэкономической деятельности на территории Российской Федерации. На юге Якутии в связи с увеличением объемов экспорта каменного угля возникла потребность в создании таможенного органа. Приказом Главного управления Государственного таможенного контроля при Совете министров СССР от 5 февраля 1991 года №33 был образован Нерюнгринский таможенный пост со штатной численностью в 6 человек. Он подчинялся Якутской таможне.

Вместе с экономическим развитием Якутии росло количество участников внешнеэкономической деятельности. 5 августа 1992 года приказом председателя ГТК России Анатолия Круглова Нерюнгринский таможенный пост был преобразован в Нерюнгринскую таможню со штатной численностью 24 единицы. Он охватывал Нерюнгринский, Алданский и Олекминский районы Якутии.
1 июня 2003 года Нерюнгринская таможня вновь была реорганизована в таможенный пост Якутской таможни. 26 декабря 2012 года в соответствии с приказом ФТС России Якутская таможня была присоединена к Благовещенской.
Нерюнгринский таможенный пост вносит значительный вклад в решение задач, отнесённых к его компетенции. В регионе деятельности Нерюнгринского таможенного поста находятся три смешанных пункта пропуска: Джалинда, Сковородино и Ушаково.

Нерюнгринский таможенный пост укомплектован квалифицированными кадрами. В 2015 году нерюнгринские таможенники пополнили федеральный бюджет на 111,6 млн рублей, выполнив плановое задание на 118,5%. Таможенным постом оформлено 288 деклараций на товары, стоимость грузовых отправлений составила 28 млн долларов США, общей массой 377 тысяч тонн, пропущено через таможенную границу 16 граждан и 5 571 транспортное средство.
Поздравляя должностных лиц и ветеранов Нерюнгринского таможенного поста с юбилейной датой, начальник Благовещенской таможни Михаил Сорокин отметил вклад нерюнгринских коллег в выполнение таможней плановых показателей, а также пожелал всем таможенникам дальнейших успехов на службе, здоровья, счастья и удачи на благо нашего Отечества!
Виталий Шабанов,
главный государственный таможенный инспектор по связям с общественностью Благовещенской таможни.
На фото: коллектив таможни в 90-е годы, здание таможни в Нерюнгри,заместитель начальника Нерюнгринского таможенного поста Евгений Гончаров.