По версии следствия, полковник Котов в период с 2016 по 2018 год вместе с другими неустановленными лицами оформлял фиктивные договоры с коммерческими фирмами, которые выполняли, но по факту не осуществляли научно-исследовательские работы для 46-го ЦНИИ. Ущерб от действий полковника, по данным следователей, может превышать 250 млн руб.
Козланжи вменяется хищение 74 млн руб, связанное с фиктивным наймом и перечислением денег под видом зарплаты людям, которые в действительности не работали в 46-м ЦНИИ, следует из оглашенных в Московском гарнизонном суде документов; таких фиктивных сотрудников следствие насчитало более сотни.
Основные задачи 46-го ЦНИИ — обоснование перспектив развития системы вооружения Вооруженных сил России, разработка и утверждение госпрограмм вооружения, говорится на сайте Минобороны. При головной роли института разработана и утверждена в том числе последняя госпрограмма вооружения до 2027 года стоимостью более 19 трлн руб.