Фетисов был задержан в рамках следствия по делу, возбужденному по статье 159 УК РФ (мошенничество, до двух лет лишения свободы). По данным «Коммерсанта», бывшего банкира подозревают в присвоении или растрате (часть 4 статьи 160 УК РФ, до десяти лет лишения свободы). Расследование было начато после обращением Центробанка России в Следственный комитет с просьбой проверить деятельность руководства «Моего банка».
В конце января 2014 года ЦБ отозвал лицензию кредитного учреждения. Незадолго до этого, в ноябре 2013 года, Фетисов, который был акционером банка, избавился от всех активов, чтобы сосредоточиться на политической деятельности.
Представители ЦБ заявили, что среди документов банка были найдены материалы, свидетельствующие о мошеннической схеме, реализованной в финансовом учреждении. ЦБ отмечает, что за последние три года банк заключал договоры с компаниями, имеющими признаки фиктивной деятельности, а также вкладывал средства в сомнительные активы.
По данным журнала «Финанс» на начало 2009 года, Фетисов имеет состояние в размере 1,2 миллиарда долларов, занимая 37-е место в рейтинге российских миллиардеров.